El mayor general y abogado Juan Manuel Méndez García ha sido el responsable de coordinar y dirigir todas las situaciones de emergencias y desastres naturales ocurridos en el país desde el 2005, destacándose su labor en eventos como las tormentas tropicales Gustav, Hanna, Ike, Olga, Noél, entre otras, así como también en el apoyo a las operaciones conjuntas realizadas en el país en respuesta al terremoto ocurrido en la República de Haití. De igual forma, ha coordinado el apoyo al Ministerio de Salud Pública en el manejo del cólera y el COVID- 19.

El Centro de Operaciones de Emergencia (COE) planifica y dirige todas las acciones de coordinación entre las instituciones del Sistema Nacional de Prevención, Mitigación y Respuesta a partir de la declaratoria de alerta y ante la probable ocurrencia de un evento adverso o en ocurrencia súbita del mismo en cualquier lugar del territorio nacional, que supere las capacidades regionales, provinciales y municipales, con el fin de apoyar la preparación y respuesta para contribuir a minimizar los efectos derivados de manera eficiente y eficaz.